Los hongos se clasifican actualmente en cinco grandes grupos: quitridios, cigomicetos, glomeromicetos, basidiomicetos y ascomicetos, siendo estos últimos los más diversificados.

Actualmente hay alrededor de 100.000 especies de hongos conocido. Sin embargo, con el avance de la tecnología y los estudios moleculares, se cree que puede haber más de 1,5 millones especies.
Estas especies se distribuyen en cinco grupos principales: quitridios, zigomicetos, glomeromicetos, ascomicetos y basidiomicetos, aunque existe evidencia de que los quitridios y zigomicetos son parafiléticos, es decir, tienen un ancestro común, pero esto no se extiende a todos los descendientes.
→ Clasificación de hongos:
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Quitrídeos (1,000 especies): Los hongos del filo Chytridiomycota se encuentran en ambientes marinos, lagos, suelos e incluso en respiraderos hidrotermales. puede formar colonias con hifas o en vivo solitario, como células esféricas. La gran mayoría de especies son descompositora, aunque hay especies parásitos de protistas, hongos, animales y plantas. Son los únicos que tienen esporas flagelado.
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Zygomycetos (1,000 especies): Los hongos del filo Zygomycota se encuentran generalmente en el suelo y no se forman cuerpo fructífero. En este grupo encontramos especies responsables del deterioro de varios alimentos, los llamados mohos. Muchas especies también son parásitos y otras viven como simbiontes en los animales. Aquí encontramos especies de gran valor económico, ya que se utilizan en la elaboración de salsas de soja (shoyu), antiinflamatorios y anticonceptivos. La forma más común de reproducción y el asexual por esporas.
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Glomeromicetos (160 especies): Recientemente la especie del filo Glomeromycota se agruparon en Zygomycota. Sin embargo, estudios recientes del ADN de cientos de especies han demostrado que estas especies forman un clado (grupo) separado. Tienen un gran valor ecológico, ya que forman asociaciones mutualistas (micorrizas) con diferentes especies vegetales.
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Ascomicetos (65.000 especies): los hongos del filo Ascomycota se encuentran en ambientes marinos, de agua dulce y terrestres. Su principal característica es tener sus esporas formadas en ascos. Cada individuo puede tener más de un disgusto, que puede unirse a otros, formando la ascocarpo (cuerpo fructífero). Los ascomicetos pueden variar desde levaduras unicelulares hasta grandes individuos en forma de copa. Pueden ser patógenos y descomponedores, además de tener un gran valor económico y medicinal. Especies del género Penicillium se utilizan en la fabricación de quesos especiales, como queso Camembert, y en la fabricación de penicilina. A principal forma de reproducción y el asexual.
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Basidiomicetos (30.000 especies): la especie del filo Basidiomycota son los más conocidos, ya que entre ellos se encuentra el comestible champiñón, así como el descompositores orejas de madera. Aquí también se encuentran especies mutualísticas (micorrizas) e parásitos, como las royas conocidas. La reproducción sexual es más frecuente y se produce mediante la fusión de hifas, que crecen y dan lugar a la basidiocarpo (cuerpo fructífero). En algunas especies, el basidiocarpio tiene forma de sombrero y se le llama popularmente champiñón.
Algunos autores traen dentro de la clasificación de hongos el grupo deuteromicetos. Sin embargo, luego de estudios moleculares, las especies pertenecientes a este grupo están siendo reubicadas en otros grupos, especialmente los ascomicetos. En los deuteromicetos no se observa el proceso de reproducción sexual y existe una gran cantidad de especies patógenas, como las que causan “candidiasis” en los niños y candidiasis.
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